Bei Pain Factory stellt sich der Kandidat verschiedenen Aufgaben auf immer härteren Leveln. Nach dem Abschluss eines Levels wird eine Punkte-Stufe freigeschaltet. Der Kandidat kann das Spiel mit den Punkten beenden oder weiterspielen. Wird das Spiel jedoch während eines Levels abgebrochen, so werden die bis dahin erreichte Punkte halbiert.
Ab dem zweiten Leveln stehen drei Joker zur Verfügung: Aufgabe tauschen, Härte halbieren, Standart-Aufgabe. Jeder Joker kann nur einmal genutzt werden und sollte daher mit Bedacht eingesetzt werden. Weiterhin können Joker im fünften Level nicht eingesetzt werden.
